Dank seiner himmelhohen Initiative, einem soliden Angriffswert und Zugriff auf eine Vielzahl von Coverage-Attacken kann Mega-Aerodactyl einen Großteil des Metagames outspeeden und besiegen, und ist damit ein guter Lategame-Cleaner. Es tut sich jedoch gegen bulkigere Teams schwer, die physisch-defensive Pokémon wie Panzaeron und Kaguron haben. Obwohl Mega-Aerodactyls Typenkombination ihm eine Boden-Immunität beschert, leidet es mangels zuverlässiger Hazardkontrolle im Tier unter seiner Tarnsteine-Schwäche. Seine Typenkombination macht Mega-Aerodactyl auch empfindlich gegenüber häufigen Prioritäts-Attacken wie Wasser-Shuriken, Wasserdüse, Patronenhieb und Eissplitter, sodass Mega-Aerodactyl oftmals nicht als Revengekiller agieren kann, da es Pokémon wie Ash-Quajutsu, Azumarill, Mega-Scherox und Snibunna nicht checkt. Mega-Aerodactyl wird zudem von verbreiteten Stahl-Pokémon wie Kaguron, Mega-Scherox und Magearna gestoppt. Mit seinen Coverage-Optionen bewahrt sich Mega-Aerodactyl eine gewisse Unberechenbarkeit, doch leidet es im Gegenzug am Four-Moveslot-Syndrom und wird immer von mindestens einem bulkigeren Threat gecheckt.
| Attacke 1: Stone Edge | Item: Aerodactylite |
| Attacke 2: Aerial Ace | Fähigkeit: Pressure |
| Attacke 3: Ice Fang | Wesen: Jolly |
| Attacke 4: Fire Fang / Earthquake | EVs: 252 Atk / 4 Def / 252 Spe |
Steinkante ist die stärkste Gesteins-STAB-Attacke von Mega-Aerodactyl und erlaubt es ihm, offensive Threats wie Mega-Glurak-X, Mega-Glurak-Y, Ramoth, Mega-Pinsir und Brutalanda zu checken. Aero-Ass ist die zuverlässigste Attacke, welche gegen bulkigere Threats wie Mega-Bisaflor, Tangoloss und Mega-Skaraborn Anwendung findet. Mit Eiszahn kann Mega-Aerodactyl Pokémon wie Demeteros-T, Knakrack und Skorgro checken, welche alle eine starke Eis-Schwäche aufweisen. Mega-Aerodactyl spielt zusätzlich meist Feuerzahn, um Stahl-Pokémon wie Tentantel, Mega-Scherox, Kaguron und Magearna zu 2HKOen. Erdbeben kann alternativ dazu gespielt werden, um offensive Threats wie Kapu-Riki, Heatran, Magnezone und Anego zu checken. Ruheort ist eine Option, um verlorene KP insbesondere durch das Einwechseln in Tarnsteine zu regenerieren. Tarnsteine ist eine potenzielle Filler-Attacke für Mega-Aerodactyl, da es gegen die meisten Pokémon zuverlässig Tarnsteine auslegen kann, mit der bedeutenden Ausnahme von Mega-Zobiris.
Maximale Angriffs-Investition maximiert das Schadenspotenzial von Mega-Aerodactyl. Mit 252 Initiative-EVs und einem frohen Wesen kann Mega-Aerodactyl das gesamte ungeboostete Metagame mitsamt +1 Mega-Garados und +1 Dragoran outspeeden, sowie mit Mega-Simsala gleichziehen. Dies ermöglicht es Mega-Aerodactyl, als sehr guter Revengekiller zu fungieren. Da die Fähigkeiten von schnelleren Pokémon zuerst aktivieren, wird Erzwinger gespielt, um nach Wahlschal-Sets von Bedroher-Nutzern wie Demeteros-T und von Feld-Settern wie Kapu-Fala, Kapu-Riki und Kapu-Toro Ausschau zu halten. Falls sich die Fähigkeit eines dieser Pokémon vor Erzwinger aktiviert, ist dasjenige Pokémon schneller als Aerodactyl.
Mega-Aerodactyl findet sich normalerweise in der Rolle des Lategame-Sweepers des Teams, kann aber auch als Revengekiller gespielt werden. Es sollte eingewechselt werden, nachdem seine Counter aus dem Spiel genommen oder kritisch angeschlagen sind, sodass ein Lategame-Sweep möglich ist. Vermeide möglichst ein Einwechseln in Tarnsteine, da Mega-Aerodactyl meist ohne Ruheort gespielt wird und schnell an KP verliert. Mithilfe von Coverage-Attacken sollten häufige Switch-ins wie Tentantel und Demeteros-T bestraft werden. Mega-Aerodactyl kann auch für einen Revengekill eingewechselt werden, nachdem eines der eigenen Pokémon besiegt wurde.
Mega-Aerodactyl schätzt Hazard-Removal, sodass Auflockern-Nutzer wie Kapu-Kime und Latios gute Partner darstellen. Kapu-Kime und Mega-Aerodactyl ergänzen sich auch sonst sehr gut, da das Erstere in starke Wasser-Pokémon wie Wahlglas-Quajutsu und –Ash-Quajutsu einwechseln kann, während Mega-Aerodactyl im Gegenzug Pokémon wie Mega-Glurak-Y, Mega-Bisaflor und Tangoloss checkt. Gegnerische Stahl-Pokémon wie Tentantel und Kaguron sind problematisch für Mega-Aerodactyl, sodass Magnezone ein wertvoller Mitstreiter ist, der diese trappen und eliminieren kann. Entry-Hazard-Setter wie Tentantel, Panzaeron, Demeteros-T und Knakrack bieten Support in Form von Tarnsteinen und Stachlern, welche das gegnerische Team schwächen und Mega-Aerodactyls Lategame-Sweep unterstützen. Wandlungskunst-Quajutsu ist ein großartiger Partner, der Stachler auslegt, Knakrack und Demeteros-T mit Eisstrahl checkt und Tentantel nach Entry-Hazard-Schaden potenziell mit Kraftreserve Feuer OHKOen kann. Falls es Sondersensor spielt, kann es auch einen weiteren Check von Mega-Aerodactyl in Form von Aggrostella durchbrechen. 3-Attacken-Zapdos kann Tentantel, Kapu-Kime und Demeteros-T checken, und ist somit ebenfalls ein sehr guter Partner. Brillante-Blütenpracht-Heatran kann Wasser-Pokémon wie Kapu-Kime, Rotom-W und Lahmus trappen und OHKOen und problematische Stahl-Pokémon wie Mega-Scherox checken.
Ein Lead-Set mit Fokusgurt, Verhöhner und Tarnsteinen ist möglich, doch Aerodactyl wird als Suicide-Lead von Tobutz überschattet. Verfolgung + Ruheort kann insbesondere in Kombination mit Magnezone gespielt werden, um defensive Cores zu durchbrechen. Oftmals ist das All-Out-Attacker-Set aber zu bevorzugen, da die Coverage-Attacken essentiell sind, um Schaden gegen den Großteil des Metagames anzurichten. Klauenwetzer erhöht das Schadenspotenzial von Mega-Aerodactyl, was sich jedoch in den meisten Fällen nicht lohnt, da Mega-Aerodactyl von Wahlschal-Nutzern gecheckt wird. Verhöhner kann alternativ zu einer Coverage-Attacke gespielt werden, um Hazard-Setter am Einsatz von Tarnsteinen zu hindern. Donnerzahn trifft Wasser-Pokémon wie Kapu-Kime, Quajutsu und Garados und ist etwas zuverlässiger als Steinkante. Auflockern kann gespielt werden, um Hazards zu entfernen, doch Mega-Aerodactyl bevorzugt eher eine Coverage-Attacke. Nassschweif ermöglicht es Mega-Aerodactyl, mehr Schaden gegen Hippoterus auszuteilen und Demeteros-T dennoch hart zu treffen.